ホスファターゼは5'末端のリン酸を脱リン酸化する。ホスファターゼ処理後は5'はヒドロキシル末端となる。

+ ホスファターゼ　→

遺伝子工学用の試薬としては、CIAP (Calf Intestine Alkaline Phosphatase)や、BAP(Bovine alkaline phosphatase)がよく用いられる。

BAP

1. DNAを17μLのddH₂Oに溶解
2. 10xバッファー 2μL添加
3. BAP 1μL添加
4. 60-65℃, 1 hr　インキュベート
5. フェノクロ抽出 x 2
6. エタノール沈殿

CIAP

1. DNAを17μLのddH₂Oに溶解
2. 10xバッファー 2μL添加
3. CIAP 1μL添加
4. 37℃, 30min インキュベート
   (あるいは、37℃, 15min　→ 50℃, 15min)
5. フェノクロ抽出
6. エタノール沈殿

• ライゲーション時にクローニングベクターの自己環状化を抑制することができる。
• 基質としてADPを用い、キナーゼを用いても脱リン酸化は可能。
• ホスファターゼの不活性化は難しく、実際の実験ではホスファターゼ処理後、フェノール・クロロホルム抽出が推奨されている。
• 5'末端に放射性ラベル処理する前にホスファターゼを用いることもある。