BioWiki

差分

この文書の現在のバージョンと選択したバージョンの差分を表示します。

この比較画面にリンクする

両方とも前のリビジョン 前のリビジョン
次のリビジョン
前のリビジョン
ツール集 [2013/06/09 16:21]
BioWiki Admin
— (現在)
ライン 1: ライン 1:
-======ツール集====== 
-遺伝子研究関連のインターネット上の便利なフリーウェアやウェブサービスです。いつも使っているソフトやツールがここに無かったら、ぜひ追加してください。 
  
-=====コミュニティ===== 
-バイオ研究者による情報サイト。 
-[[http://​bioupdate.jp:​8080/​|{{bio:​bioupdate_logo.jpg}}]]\\ ​ 
-  *[[http://​bioupdate.jp:​8080/​pages/​viewpage.action?​pageId=753702|レビュー]] 
-  *[[http://​bioupdate.jp:​8080/​pages/​viewpage.action?​pageId=753706|プロトコール]] 
-  *[[http://​bioupdate.jp/​pligg|ソーシャルブックマーク]] 
-  *[[http://​bioupdate.jp:​8080/​pages/​viewpage.action?​pageId=5144588|口コミレポート]] 
- 
-**[[http://​www.kenkyuu.net/​|研究留学ネット]]** 
-  *[[http://​www.kenkyuu.net/​cgi-forum/​wforum.cgi|研究留学フォーラム]](掲示板) 
- 
- 
- 
-=====制限酵素ツール===== 
-  *[[http://​www.neb.com/​nebecomm/​default.asp|New England BioLabs(英語サイト)]] 
-  *[[http://​tools.neb.com/​NEBcutter2/​index.php|NEBcutter v2.0]] 制限酵素サイトを表示できる。 
-  *[[http://​www.neb.com/​nebecomm/​DoubleDigestCalculator.asp|Double Digest Finder]] double-digestionができるバッファーを探してくれる。 
-  *[[http://​www.matsubarase.com/​enzyme_navi/​index.php|制限酵素ナビ(日本語サイト)]] 制限酵素の検索、バッファーや価格などの情報を提供。 
-    *[[http://​www.matsubarase.com/​draw_plasmid/​index.php|Web上でのプラスミド描画]]ツールも提供している。 
- 
-=====系統樹の描画===== 
-  *[[http://​taconomy.zoology.gla.ac.uk/​rod/​treeview.html|TreeView]] 
-ClustalWで得られる系統樹の計算結果を描画するソフト 
-=====プラスミド描画===== 
-====PlasMapper==== 
-  *[[http://​wishart.biology.ualberta.ca/​PlasMapper/​|PlasMapper]] ​ 
- 
-PlasMapperは、カナダのアルバータ大学で開発されたWebベースのプログラムで、無料で使用できます。プラスミドDNA配列を入力するだけで、自動的にプラスミドマップを作成します。20kbpまでのプラスミドマップを描画できます。また、描画した図はPNG,​JPG,​SVG,​SVGZ形式で出力することができます。 
- 
-{{ bio:​plasmap25_1197849057936.png?​200}} 
-このツールを使うと、本当に簡単に作図できます。たとえば、右の図はpUC19の配列**だけ**を入力し、「Graphic Map」ボタンを押しただけです・・ (クリックすると拡大) 
- 
-=====RNAやDNAの構造===== 
-====mfold==== 
-[[mfold]]はRNAやDNAの二次構造を予測するプログラムです。 
-  *[[http://​www.bioinfo.rpi.edu/​~zukerm/​|Michael Zuker'​s Home Page]] 
-    *[[http://​www.bioinfo.rpi.edu/​applications/​mfold/​|RNA & DNA Folding ​ Applications]] 
-====SimTK RNA Folding==== 
-  *[[https://​simtk.org/​xml/​rna-folding.xml|SimTK RNA Folding]] 
-SimTKのプロジェクトの中の、**ToRNADo**はPDBコードやファイルからRNA二次構造を表示・作画できるフリーソフトです。 
- 
-  *[[http://​simbios.stanford.edu/​index.html|National NIH Center for Physics-based Simulation of Biological Structures]] 
- 
- 
- 
- 
-====その他==== 
-  *[[http://​www.matsubarase.com/​draw_plasmid/​index.php|プラスミド描画ソフトβ(日本語サイト)]] 
-ブラウザ上でプラスミドマップを作成できる。SVGによるベクトル描画により、曲線が滑らか。 
-  *[[http://​www.acaclone.com/​|pDRAW32 DNA analysis software(英語サイト)]] 
-プラスミドマップを描画できるフリーウェア。 
- 
-=====タンパク質立体構造表示ツール===== 
-  *[[http://​jmol.sourceforge.net/​|Jmol(英語サイト)]]\\ 化学物質やタンパク質の三次元構造ビューワーです。\\ このサイト内で使えます。くわしくは[[pdb:​start|PDBページ]]へ。 
-  *[[http://​cuemol.sourceforge.jp/​ja/​index.php?​FrontPage|CueMol (日本語サイト)]]\\ 日本発のタンパク質構造モデリングソフト。フリーウェア(Windows)。ユーザーインターフェースがわかりやすく、商用ソフトにひけをとりません。 
-  *[[http://​www.mdl.com/​products/​framework/​chime/​index.jsp|Chime(英語サイト)]] 
-  *[[http://​www.umass.edu/​microbio/​rasmol/​index2.htm|Rasmol(英語サイト)]] 
-  *[[http://​www.ks.uiuc.edu/​Research/​vmd/​|Visual Molecular Dynamics]] 
- 
-=====化学構造描画ソフト===== 
-化学構造を表示出来るソフトウェア。 
- 
-**SketchEl** 
-  *[[http://​sourceforge.net/​projects/​sketchel|SketchEl]] 
- 
-Javaで起動できるフリーウェアで、どのOSでも使えます。手軽で分かりやすいインターフェースなので、簡単な用途には便利です。 
- 
-**JChemPaint (CDK project)** 
-  *[[http://​sourceforge.net/​project/​showfiles.php?​group_id=20024&​package_id=173599&​release_id=400854|JChemPaintダウンロードサイト]] 
- 
-化学構造(2次元)を描画するフリーソフトです。これもJavaアプリケーションです。 
- 
-**BKChem** 
-  *[[http://​bkchem.zirael.org/​features_en.html|BKChem]] 
- 
- ※Pythonライブラリが必要。 
- 
-**Chemul [けむり]** 
-  *[[http://​hossy.net/​chemul/​]] 
-日本の方が開発された、化学構造を閲覧できるプログラムで、__Flashで閲覧できる__ところが特徴的。上記サイトで、アミノ酸などの多くの有機分子を閲覧できます。 
- 
-=====画像・作図ソフト===== 
-====GIMP==== 
-[[computer:​GIMP|{{computer:​en:​gimp_2.13_ubuntu.png?​150|}}]] 
-\\ {{icon>​commons}} 
- 
-オープンソースで開発が続けられているフリーの画像処理ソフト。Adobe Photoshopのように、画像を加工するために使います。Windows版・Macintosh版・Linux版が開発されています。 
-  *[[http://​www.gimp.org/​|GIMPホームページ(英語)]] 
- 
- 
-=====ネットワーク可視化/解析ソフト===== 
-{{bio:​cytoscape_25_1.jpg?​150|}} 
-====Cytoscape==== 
-  *[[Cytoscape]]は、ネットワークの描画/​解析をするためのオープンソースソフトです。多くの論文で使われています。 
- 
- 
- 
- 
- 
- 
- 
-=====ライフサイエンス辞書===== 
-[[http://​wwwsoc.nii.ac.jp/​lsdproject/​ja/​service/​weblsd/​index.html|ライフサイエンス辞書(WebLSD)]]は、京都大学のライフサイエンス辞書プロジェクトが作成、公開している生命科学用辞書。 
-実際に論文に使われている例文で確認できるので、論文作成にとても便利。 
-([[http://​www.apple.com/​jp/​medical/​dictionary/​kaneko/​index2.html|Apple社による紹介ページ]]) 
- 
-その他、オンライン変換サービスとして次のようなツールがある。 
-  ***[[http://​lsd-project.jp/​ja/​service/​etoj_v/​index.html|E to J vocabulary]]** : Webで英和単語帳を作る画期的なツール。 
-  ***[[http://​lsd-project.jp/​ja/​service/​etoj/​index.html|E to J]]** : 専門用語の単語訳を行うツール。 
-  ***[[http://​lsd-project.jp/​ja/​service/​webspell/​index.html|Web spell]]** : 一般語+専門用語のスペルチェック。 
- 
-====教材==== 
-**耳で覚えるライフサイエンス英語2000**\\ ​ 
-WebLSDの音声版がフリーウェアとして公開されている。iTunes や iPod で生命科学の英語,​訳語,​音声を勉強できる 
-  *[[http://​www.vector.co.jp/​soft/​data/​edu/​se379774.html|ベクターのサイト]] 
- 
-**オンデマンド英語教材**\\ ​ 
-500語程度の生命科学に関連した記事を毎週更新。 
-  *[[http://​lsd.pharm.kyoto-u.ac.jp/​ja/​service/​ondemand/​index.html|オンデマンド英語教材]] (WebLSDサイト) 
- 
-===ライフサイエンス用語変換辞書=== 
-**ライフサイエンス用語かな漢字変換辞書** 
-  *[[http://​www.vector.co.jp/​soft/​dl/​winnt/​writing/​se389421.html|WindowsのMS-IME用]] (Vector,​フリー) 
-  *[[http://​www.vector.co.jp/​soft/​dl/​mac/​writing/​se389554.html|Macのことえり用]] (Vector,​フリー) 
- 
-**ライフサイエンス用語かな漢字変換辞書plus** 
-  *[[http://​www.vector.co.jp/​soft/​winnt/​writing/​se440303.html|WindowsのMS-IME用]]\\ (Vector,​シェア2,​000円) 
-====製品・書籍==== 
-  *[[http://​www.atok.com/​option/​science/​index.html|ライフサイエンス辞書 for ATOK]] 
-  *{{amazon>​jp:​4758108013}} 
-  *{{amazon>​jp:​4758108358}} 
-  *{{amazon>​jp:​4897064848}} 
- 
- 
-=====ポッドキャスト===== 
-最新号のトピックを「聴く」ことができます。PCやiPodなどのオーディオプレイヤーで再生できます。iTunesだと直接取り込むことができるので便利です。 
- 
-  ***Nature** : [[http://​www.natureasia.com/​japan/​focus/​podcast/​index.php]] 
-  ***Science** : [[http://​www.sciencemag.org/​about/​podcast.dtl]] 
- 
-======リンク====== 
-  *[[http://​biotools.blogspot.com/​index.html|バイオ最新ツール]]\\ BioAssociatesが提供する製品情報。機器や消耗品、ソフトウェアなど。 
- 
-{{tag>​index リンク}}