BioWiki

<select Language> bio:データベースへのリンク|日本語 bio:en:Links to databases|English </select>

データベース検索

PubChem (NCBI)



PDBj

ゲノム情報へのリンク

Tree of Life

tol_toppage.jpg Tree of Life web project

地球上の生き物の多様性や、それらの進化の歴史や特徴について紹介するサイト。5000ページを超えるサイトは、「Tree」という名の通り、生物の分類によって上の階層、下の階層、近縁種をたどっていけます。

化学物質データベース

PubChem

化学物質をキーワードで検索し、その化合構造を表示したり、関連する論文を得ることができます。

タンパク質データベース

PDB

Protein Data Bank(タンパク質の三次元構造)

タンパク質データベース、PDBです。結晶構造/NMR解析構造/理論解析から得られた、タンパク質構造データベースです。サイト上で3次元構造も表示することができます。

PDB image
1WLA - Oxygen Transport
Myoglobin (Horse Heart) Recombinant Wild-Type
リガンド:HEM|SO4

BRENDA

Enzyme Database - BRENDA(酵素データベース)

E.C.番号で検索するならこのサイトです。その他、テキスト検索などの検索も行えます。 さまざまな条件(至適温度、失活温度、pH、KMなど)などを一覧表示できます。また、文献やPDBファイルへのリンクへすぐにたどり着くことができます。「Comprehensive」の名前の通りのデータベースです。

制限酵素データベース

http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html

New England Biolabs(NEB)が提供する制限酵素データベース。認識配列、反応温度、反応バッファー、メチル基に対する感受性など。他社の制限酵素データも含まれている。

タンパク質相互作用/パスウェイデータベース

総合リンク集

Pathguide (各種pathway、PPIネットワークデータベースへのリンク集)

Memorial Sloan-Kettering Cancer Center(MSKCC)による各種Pathway、タンパク質相互作用ネットワークへのリンク集。各データベースがどのようなデータフォーマットを採用しているか等を俯瞰することが出来る。BioPAXPSI-MIなどの標準的フォーマットで表現されたデータは、Cytoscape等で可視化、解析を行なうことが可能。

タンパク質相互作用

パスウェイ