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データベースへのリンク [2013/06/09 09:08] (現在) |
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+ | bio:データベースへのリンク|日本語 | ||
+ | bio:en:Links to databases|English | ||
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+ | ======データベース検索===== | ||
+ | {{pubchem>searchbox}} | ||
+ | {{pdb>searchbox}} | ||
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+ | ======ゲノム情報へのリンク====== | ||
+ | ***UCSC Genome Browser** | ||
+ | *[[http://genome.ucsc.edu/index.html|UCSC Genome Browserのホームページ]] | ||
+ | ***US Department of Energy Joint Genome Institute** | ||
+ | *[[http://genome.jgi-psf.org/|Eukaryotic Genomics]] | ||
+ | ***Washington University School of Medicine** | ||
+ | *[[http://genome.wustl.edu/|Genome Sequencing Center]] | ||
+ | ***Well Come Trust Sanger Institute** | ||
+ | *[[http://www.sanger.ac.uk/|Sanger Instituteのホームページ]] | ||
+ | ***Broad Institute at MIT** | ||
+ | *[[http://www.broad.mit.edu/|Broad Instituteのホームページ]] | ||
+ | *[[http://www.broad.mit.edu/tools/data.html|Broad Insitute Data]] | ||
+ | ***理化学研究所** | ||
+ | *[[http://www.gsc.riken.go.jp/jpn/database/index.html|ゲノム科学総合研究センター]] | ||
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+ | **ホモサピエンス**\\ | ||
+ | *[[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/human/|NCBI Human Genome Resources]] | ||
+ | *[[http://compbio.ornl.gov/channel/index.html|Oak Ridge National Laboratory Genome Channel]] | ||
+ | *[[http://www.hgsc.bcm.tmc.edu/|Baylor College of Medicine Human Genome Sequencing Center]] | ||
+ | *[[http://www.sanger.ac.uk/HGP/|Sanger Institute Human Genome Project]] | ||
+ | *[[http://projects.tcag.ca/humandup/|Human Genome Segmental Duplication Database]] | ||
+ | *[[http://humanparalogy.gs.washington.edu/SDD/index.htm|University of Washington Segmental Duplication DB]] | ||
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+ | **魚**\\ | ||
+ | *[[http://www.fugu-sg.org/|Fugu Genome Project]] | ||
+ | *[[http://genome.jgi-psf.org/Takru4/Takru4.home.html|JGI Fugu rubripes]] | ||
+ | *[[http://fugu.biology.qmul.ac.uk/|Queen Mary University of London Fugu Genomics Project]] | ||
+ | *[[http://www.genoscope.cns.fr/externe/tetranew/|Tetraodon Genome Browser]] | ||
+ | *[[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/zebrafish/|NCBI Zebrafish Genome Resources]] | ||
+ | *[[http://www.sanger.ac.uk/Projects/D_rerio/|Sanger Institute Danio rerio Sequencing Project]] | ||
+ | *[[http://zfish.wustl.edu/|Washington University Zebrafish Genome Resources]] | ||
+ | *[[http://zebrafish.stanford.edu/genome/Frontpage.html|Stanford Zebrafish Genome Project]] | ||
+ | *[[http://zfin.org/|The Zebrafish Information Network]] | ||
+ | *[[http://big.nyp.edu.sg/zpcr/servlet/index|Automatic Zebrafish-specific PCR primer design service]] | ||
+ | *[[http://134.174.23.160/zfaca/hash/master020106public.aspx|Zebrafish Affy Chip Annotation Project]] | ||
+ | *[[http://zgc.nci.nih.gov/|Zebrafish Gene Collection]] | ||
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+ | **ショウジョウバエ(Drosophila)**\\ | ||
+ | *[[http://www.flybase.org/|Flybase]] | ||
+ | *[[http://rana.lbl.gov/drosophila/|AAA: 12 Drosophila Genomes]] | ||
+ | *[[http://www.fruitfly.org/|BDGP: Berkeley Drosophila Genome Project]] | ||
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+ | **その他**\\ | ||
+ | -[[http://eichlerlab.gs.washington.edu/database.html|University of Washington Eichler Lab Segmental Duplication Database]] | ||
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+ | ======Tree of Life====== | ||
+ | [[http://tolweb.org/tree/phylogeny.html|{{bio:tol_toppage.jpg?200}}]] | ||
+ | **[[http://tolweb.org/tree/phylogeny.html|Tree of Life web project]]**\\ \\ | ||
+ | |||
+ | 地球上の生き物の多様性や、それらの進化の歴史や特徴について紹介するサイト。5000ページを超えるサイトは、「Tree」という名の通り、生物の分類によって上の階層、下の階層、近縁種をたどっていけます。 | ||
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+ | ======化学物質データベース====== | ||
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+ | =====PubChem===== | ||
+ | 化学物質をキーワードで検索し、その化合構造を表示したり、関連する論文を得ることができます。 | ||
+ | *[[http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/|PubChemホーム]] | ||
+ | ======タンパク質データベース====== | ||
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+ | =====PDB===== | ||
+ | [[http://www.pdbj.org/index_j.html|Protein Data Bank(タンパク質の三次元構造)]] | ||
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+ | タンパク質データベース、PDBです。結晶構造/NMR解析構造/理論解析から得られた、タンパク質構造データベースです。サイト上で3次元構造も表示することができます。 | ||
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+ | {{pdb>fullSmall:1wla}} | ||
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+ | =====BRENDA===== | ||
+ | [[http://www.brenda.uni-koeln.de/|Enzyme Database - BRENDA(酵素データベース)]] | ||
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+ | E.C.番号で検索するならこのサイトです。その他、テキスト検索などの検索も行えます。 | ||
+ | さまざまな条件(至適温度、失活温度、pH、KMなど)などを一覧表示できます。また、文献やPDBファイルへのリンクへすぐにたどり着くことができます。「Comprehensive」の名前の通りのデータベースです。 | ||
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+ | ======制限酵素データベース====== | ||
+ | http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html | ||
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+ | New England Biolabs(NEB)が提供する制限酵素データベース。認識配列、反応温度、反応バッファー、メチル基に対する感受性など。他社の制限酵素データも含まれている。 | ||
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+ | ======タンパク質相互作用/パスウェイデータベース====== | ||
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+ | =====総合リンク集===== | ||
+ | [[http://www.pathguide.org/|Pathguide (各種pathway、PPIネットワークデータベースへのリンク集)]] | ||
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+ | [[http://www.mskcc.org/mskcc/html/44.cfm|Memorial Sloan-Kettering Cancer Center(MSKCC)]]による各種Pathway、タンパク質相互作用ネットワークへのリンク集。各データベースがどのようなデータフォーマットを採用しているか等を俯瞰することが出来る。[[http://www.biopax.org/|BioPAX]]、[[http://psidev.sourceforge.net/mi/xml/doc/user/|PSI-MI]]などの標準的フォーマットで表現されたデータは、[[http://www.cytoscape.org/|Cytoscape]]等で可視化、解析を行なうことが可能。 | ||
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+ | =====タンパク質相互作用===== | ||
+ | * [[http://dip.doe-mbi.ucla.edu/|DIP]] | ||
+ | * [[http://www.thebiogrid.org/|BioGRID]] | ||
+ | * [[http://www.hprd.org/|HPRD]] | ||
+ | * [[http://bond.unleashedinformatics.com/Action?|BIND (今はBONDに統合)]] | ||
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+ | =====パスウェイ===== | ||
+ | * [[http://www.genome.ad.jp/kegg/|KEGG]] | ||
+ | * [[http://www.reactome.org/|Reactome]] | ||
+ | * [[http://www.pathwaycommons.org/pc/|Pathway Commons(複数のデータベースを統合したもの。それらを縦断検索が出来る)]] | ||
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+ | {{tag>データベース}} | ||