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ベクターの配列を取得する [2013/01/31 05:38] (現在) |
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| + | ======ベクターの配列を取得する方法====== | ||
| + | クローニングベクターの配列は、各試薬会社のホームページで得ることができる。しかし、会社ごとにWebページのレイアウトが違うし、迷子になってしまうこともままある。一般的なクローニングベクターは遺伝子データバンクに登録されているので、データバンクから取得する方法を覚えてしまえば、迷子にならずに済むかも知れない。 | ||
| + | とはいっても、膨大な遺伝子を格納しているデータバンクから検索するには、「適切なキーワード」を入れなければ目的の配列までたどり着けず、意外とこのキーワードの試行錯誤でくじけてしまうことが多い。 | ||
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| + | このページでは、DDBJのARSAを利用して、クローニングプラスミドの配列などを取得する方法を説明する。 | ||
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| + | =====方法===== | ||
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| + | ====1. DDBJページのARSAへ行く==== | ||
| + | DDBJのキーワード検索システムである、ARSAを用いる。ARSAページの単純検索(Simple Search)ではなく、条件を設定できるStandardSearchを用いる。 | ||
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| + | *[[http://arsa.ddbj.nig.ac.jp/index.jsp|DDBJ:ARSA:Standard Search ページへ]]\\ (新しいウィンドウかタブで開くと良い) | ||
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| + | ====2. 条件を設定する。==== | ||
| + | プラスミドベクターを検索する場合、次の項目を入力すると良い。入力し終わったらsubmitボタンを押して検索を開始。 | ||
| + | -**プラスミド名**\\ QueryValueの入力ボックスにプラスミドの名前を入力。たとえば、「pBluescript」など。 | ||
| + | -**cloning vector**\\ クローニングベクターは、登録名としてcloning vectorという名前が含まれているので、入力ボックスにcloning vectorと入力。 | ||
| + | -**circular**\\ 入力ボックスに環状であることを示すcircularを入力。 | ||
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| + | {{bio:imgarsaquery.png|}} | ||
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| + | =====検索結果を見る===== | ||
| + | 検索結果が一覧表になって表示される。もし、あまりにも多い場合は、4つめのキーワードを足して再検索してみる。結果テーブルの左端の列の英数字は、DDBJ/GenBank/EMBLのどのデータベースでも共通のACCESSION ID。クリックすると内容が表示される。 | ||
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| + | チェックした複数のエントリをダウンロードすることもできる。 | ||
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| + | {{bio:imgarsaresults.png|}} | ||
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| + | {{tag>データベース DDBJ}} | ||
最終更新: 2013/01/31 05:38
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