バクテリア（細菌）は、常にバクテリオファージ（バクテリオファージφX174など）の攻撃にさらされている。それらから身を守るために、バクテリアの多くの種は外から入ってきたDNAを切ることでバクテリオファージを攻撃する方法を編み出してきた。

これらのバクテリアはエンドヌクレアーゼ（DNAを切る酵素）を作る。その酵素はバクテリアの細胞質に滞留し、バクテリオファージDNA切断する。エンドヌクレアーゼが「制限酵素」と呼ばれるのは、バクテリオファージの感染を「制限」するからである。

• 制限修飾系
• 今月の分子2000
• Restriction Enzymes - RCSB PDB 'Molecule of the month'
• Restriction enzyme (English)