核酸の突出末端は酵素によって平滑末端にすることができる。酵素によって平滑化後の配列が変わることがあるので注意。

突出末端を平滑化するには、次のような酵素活性を利用する。

• ポリメラーゼ活性(5'→3'合成活性）による相補塩基の埋め込み(fill-in)
• エキソヌクレアーゼ活性（末端からの分解活性）による削り込み(trim)
• エンドヌクレアーゼ活性（分解活性）による切断

合成活性と分解活性によって、生成される末端の配列が異なってくるので、断片のライゲーション時には注意が必要である。

市販されている平滑化キットの多くは、T4 DNAポリメラーゼを利用しており、5'→3' 合成活性によるFill-inと3'→5' エキソヌクレアーゼ活性が同時に進行する。ポリメラーゼによるFill-inのためのdNTPが必要。（キットなら、バッファーは同梱されている。）

5'→3'活性（▼部分）でfill-inされる。
3'→5'エキソヌクレアーゼ活性（X部分）で削りこまれる。

S1 NucleaseはDNAやRNAの一本鎖部分を特異的に切断するエンドヌクレアーゼである。一本鎖である突出末端や、ループ部分を切断することができる。

(2006.3.10 現在)

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