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バクテリア・植物プラスチドのコドン表 [no.11]

(The Bacterial and Plant Platid Code)

コドン表11はバクテリア、古細菌、原核ウィルス、葉緑体タンパク質に用いられる。標準コードと同様、開始コドンはAUGが最も翻訳効率が高い。加えて、GUGやUUGによる開始も古細菌やバクテリアで報告されている1)E. coliでは、タンパク質の約3%のタンパク質の開始にUUGが用いられているという2)。CUGはE. coliのプラスミドにコードされたタンパク質(RepA)の開始コドンとして知られている3)NUGによる開始に加え、バクテリアに稀なケースとして、AUUによる開始があり、これはpoly(A)ポリメラーゼPcnBや開始因子IF3をコードしているInfCに見られる4)。アミノ酸に対するコドンの割り当ては標準コドンと同様だが、枯草菌5)においてTrpの翻訳効率は低い6)

1)
TTG serves as an initiation codon for the ribosomal protein MvaS7 from the archaeon Methanococcus vannielii.
Golderer G, Dlaska M, Gröbner P, Piendl W
J Bacteriol177p5994-6(1995 Oct)
2)
The complete genome sequence of Escherichia coli K-12.
Blattner FR, Plunkett G 3rd, Bloch CA, Perna NT, Burland V, Riley M, Collado-Vides J, Glasner JD, Rode CK, Mayhew GF, Gregor J, Davis NW, Kirkpatrick HA, Goeden MA, Rose DJ, Mau B, Shao Y
Science277p1453-62(1997 Sep 5)
5)
おそらくE.coliでも
6)
UGA: a split personality in the universal genetic code.
Hatfield D, Diamond A
Trends Genet9p69-70(1993 Mar)
UGA: a dual signal for 'stop' and for recoding in protein synthesis.
Tate WP, Mansell JB, Mannering SA, Irvine JH, Major LL, Wilson DN
Biochemistry (Mosc)64p1342-53(1999 Dec)