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Cytoscape

Cytoscape(サイトスケープ)とは分子間相互作用のネットワークを可視化したり、それらと遺伝子発現プロファイルなどを統合することのできるオープンソースのプラットフォーム。GUIで簡単にネットワーク図を作図できる。プラグインによる拡張によって各種解析を行うことができる。Javaで動作するので、どんなOSでも起動可能。

スクリーンショットの解説

(左上から)

  • 酵母の大規模なPPIネットワークを可視化したもの。遺伝子オントロジー(GO)によるアノテーションをネットワーク経由で付加。それを元にノードを彩色。
  • 上記のネットワークをMCODEプラグインにて解析。
  • そこで発見された局所構造(クラスター)をサブネットワークとして抽出。その後、Cytoscapeの可視化機能を使って加工したもの。出力形式はPNG, JPG, SVG, PDFなどをサポート。