E-Utilitiesを使うことで、アプリケーションでNCBIのデータベースを活用できる。

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/eutils_help.html

SOAPサービスも利用できるようになった。

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/esoap_help.html

BLASTのAPIは、

• http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Doc/urlapi.html
• NCBI Blast API

ESearchとEFetchを用いる場合は次のような流れになる。

• ESearch URL

  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi

• EFetch URL

  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi

PHPやPerlなどで使い捨てるプログラムならテキストやhtmlベースでデータを取得してもいいが、理想的には、XMLデータをSOAPクライアントで取得し、保持するクラスを作っておく方が応用が利く。

XMLの定義はDTDファイルとして公開されているから、それを元にクラスは作成できる。

• Base http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/DTD/nlmmedline_070101.dtd
• PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/DTD/pubmed_070101.dtd

次の3つのクラスを作っておけばどのデータベース（nucleotid, taxonomy,pubmed etc.)にも対応できるので便利。

1. DocSum : ESummaryで取得するエントリの概要データ構造
2. EFetchResult : EFetchで取得するエントリ情報データ構造
3. ESearchResult : ESearchで取得する検索結果の情報データ構造