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概要

ワークフロー

ターゲット遺伝子の読み込み、プローブの読み込みに加え、ver1.1から解析プロットの読み込みが可能になりました。そのため、最初から5番目のタブで解析データを読み込み、カラムの並び替えや画像の出力ができるようになりました。 <div class="leftbox"> BLAST検索から解析まで

  1. ターゲット遺伝子を読み込む。
  2. プローブを読み込む。
  3. BLAST検索を行う。
  4. 解析する。

</div><div class="leftbox"> 解析のみ

  1. 以前の解析データを読み込む。
  2. 解析する。

</div><div style="clear:both"></div>

操作方法

1. ターゲット遺伝子を読み込む。

<div class="right"> </div> このタブではターゲット遺伝子を読み込みます。

いずれかのボタンで読み込んでください。読み込めるデータは以下のとおりです。

  • 前回使ったデータ
  • タブ区切りのテキストファイル
  • GenBankのSummaryファイル

タブ区切りのテキストファイルは、すくなくとも2つの列があり、左端のカラムはACCESSIONであるファイルであれば読み込めます。また、GenBankのファイルは、NCBIのNucleotideで検索したあとに「SendToFile」でダウンロードしたファイルです。 <div style="clear:both"></div>

編集

この表の末尾に行を入力することでエントリを追加することができます。また、行を選択した後に右クリック+「選択行を削除」で削除することができます。

保存

右クリック+「この表をファイルとして保存」で、ターゲット遺伝子のテーブルを保存できます。

2. プローブ配列を読み込む。

<div class="right"> </div> このタブではArrayDesignerから出力したプローブファイルを読み込みます。前回のデータに復帰することも可能です。

プローブの行を選択すると、右側のプロパティ表でArrayDesignerで出力されたTmやGC%などを確認できます。

:!: プローブ配列の無いエントリは無視されますのでご注意ください。 <div style="clear:both"></div>

Qualityによる絞込み

ArrayDesignerで判定されたQuality(Best, Good, Poor)によって、BLAST検索にかけるエントリを絞り込めます。この操作では、エントリが削除されるわけではなく、非表示になるだけです。表の保存時にはすべてのエントリが保存されます。

編集

この表の末尾に行を入力することでエントリを追加することができます。また、行を選択した後に右クリック+「選択行を削除」で削除することができます。

保存

右クリック+「この表をファイルとして保存」で、プローブのテーブルを保存できます。

3. BLAST検索

<div class="right"> </div> このタブでは、2.で表示されているプローブのBLAST検索を一括して実行します。BLAST検索には、NCBIのWebサービスを利用します。1)

検索ボタンを押すと、検索クエリ(検索要求)の作成と検索結果の受信を開始します。もし、プローブ・データベース・検索結果数がまったく同一の検索を以前に行っている場合、プローブ表の「SessionID」列に「キャッシュに保存済み」という表示になっており、そのデータを使います。その場合も、「検索開始」ボタンを押してください。 <div style="clear:both"></div>

検索条件

データベース ここで検索するデータベース内の分類を選択できます。一番上のフルエントリで検索をかけると時間がかかるかもしれません。ターゲットが決まっていれば、分類を絞り込むと良いでしょう。

BLAST結果数

BLASTの結果は、相同性の順に渡されますが、その数を指定できます。

:!: 現バージョンでは検索後にプローブを再読み込みすることはできません。アプリケーションを一度終了してください。

クエリ途中で固まった・・・

クエリ数が多い場合、クエリ送信中にNCBIサーバーの応答が遅くなります。そのため、クエリ送信の途中でBLAST検索の結果を取得しに行く時があります。その場合、結果取得後に再度「検索開始」してください。(途中までのBLAST結果のデータはキャッシュに保存されています。)

4. データの集計

<div class="right"> </div> ここまでの3つのタブでの作業で得られたデータを元に、ターゲット遺伝子とBLAST検索の結果とが照合されます。

確認できるデータは、

  • ターゲット遺伝子(左上)
  • プローブ(左下)
  • プローブ特性(右)

です。

左上の表でターゲット遺伝子を選択すると、そのターゲット遺伝子を検出できそうなプローブが左下の表に表示されます。さらに、プローブを選択するとプローブの情報が右側に表示されます。

<div style="clear:both"></div>

5. 解析

解析方法は、次のページ

リンク

1)
古いバージョンではDDBJのblastnプログラムを利用していました