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ProbeMower

概要

ProbeMowerは、ArrayDesigner(PREMIERE BioSoft社)で作成されたプローブ配列をBLAST検索し、指定した遺伝子群と対応づけます。E-Value値によって色づけしたパターンを出力し、同じ検出パターンを持つプローブを省いたり、擬陽性を示すプローブを省いたりでき、指定した遺伝子群を効率よく検出できるアレイを設計することができます。

機能

  • テキストファイルあるいはGenBankの検索結果ファイルからの遺伝子群の読み込み
  • ArrayDesignerのプローブファイルの読み込み
  • プローブを自動的にNCBIのBLAST検索にかける
  • BLAST検索結果と遺伝子群を照合し、E-Valueによって色づけしたパターンを出力(ファイルor画像)

現在の開発状況

  • 解析結果のファイル出力、画像出力設定インターフェース
  • 解析結果のカラム並び替え、クラスタリング

履歴

リンク

備考

ProbeMowerは、国立感染症研究所からの受託開発から生まれたソフトウェアです。ProbeMowerの購入や受託開発に関しては㈱シンプラスにお問い合わせください。