BioWiki

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データベースへのリンクの作り方

このWiki内では、さまざまなデータベースのエントリへ簡単にリンクが張れるようになっています。(Interwiki機構)

通常のリンクのように、[[(リンク)]]のように書きますが、リンクの部分にデータベースとIDを指定すると、データベースのエントリへのリンクが作成されます。

[[データベース名>ID]]

NCBI

データベース 内容 ID 書き方 実際の表示
PubMed Journals from PubMed PMID [[pubmed>17803915]] 17803915
Nucleotide
CoreNucleotide core Gi [[nuccore>156766568]] 156766568
ESTEST Gi [[nucest>161594556]] 161594556
GSSGSS Gi [[nucgss>158853604]] 158853604
Protein Protein from Gi Gi [[protein>156766569]] 156766569
Genome Genome map view Taxon ID [[genomemap>420245]] 420245
MeSH Medical Subject Heading Terms MeSH ID [[mesh>68013012]] 68013012
PubChem Chemical property CID [[pubchem>5957]] 5957
Taxonomy Taxonomy lineage TaxID [[taxonomy>10090]] 10090

Gene

Protein

データベース 内容 ID 書き方 実際の表示
PDB Structure database PDB-ID [[pdb>2J4C]] 2J4C
Enzyme Expasy enzyme EC number [[enzyme>3.5.2.6]] 3.5.2.6
Brenda Comprehensive enzyme database EC number [[BrendaEC]] 3.5.2.6
Brenda Comprehensive enzyme database Enzyme name [[BrendaName>lactamase]] lactamase
InterPro Protein family/domain IPRO accession ID [[interpro>IPR001466]] IPR001466
UniProt Universal protein knowledgebase UniProt entry name [[uniprot>LACTB_HUMAN]] LACTB_HUMAN

Products

データベース 内容 ID 書き方 実際の表示
Merck products Products of Merck ID [[merck>04-12-1065]] 04-12-1065

DokuWikiでのInterwiki

DokuWikiは、このリンク作成を簡単に実装できるinterwikiという機構があり、conf/interwiki.confにURLを追加することでInterwikiを作成できる。