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EBI | EBI * European Bioinformatics Institute ebi | ebi |
EBIからPDBのHEADERとTITLEを取得する | EBIからPDBのHEADERとTITLEを取得する PHP EBIのCGIベースのWebサービスを使い、$idで指定したPDBエントリの名前やタイトルだけを取得するPHPコード例 /* * Fetch and extract PDB header and title * @license GPL 2 (http://www.gnu.org/licenses/gpl.html) * @author Ikuo Obataya<ikuo_obataya[atmrk]symplus.co.jp> */ $id = "1j7i"; $url = "http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/dbfetch?db=pdb&format=raw&style=raw&id=".$id; // Regex $pdbRegex = "/^HEADER\s+(.+)\s+(\d{1,2}-[A-Z]+-\d{1,2})\s+([a-zA-Z0-9]{4})|^TITLE\s+(\d+\s+)?(.+)/"; $handle = @fopen($url,"r… | ebi |
EBIからデータベースエントリを取得する | EBIからデータベースエントリを取得する SOAPを使わないC#クライアント例 SOAPを使わず、EBIのCGIを利用してもデータを取得できる。 EBI.WebClientクラス using System; using System.Net; namespace EBI { public class WebClient { private const string ERROR_KEYWORD = "Error Information"; private const string FETCH_URL= "http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/dbfetch?db={0}&id={1}&format={2}&style={3}"; private System.Net.WebClient wc = new System.Net.WebClient(); public WebClient(){} /// Fetch entry with default settin… | ebi |
EBIのWebサービス | EBIのWebサービス EBIのデータベースは、Webサービスを提供している。データベースエントリの取得や遺伝子やタンパク質配列の解析ができるので、研究に合わせたクライアントプログラムを作成することができる。 | データベース, ebi |
Fetch HEADER and TITLE of PDB entry from EBI | Fetch HEADER and TITLE of PDB entry from EBI PHP EBI's CGI based web service enables us to fetch PDB entry. The following is a PHP sample code which extracts a header and a title from retrieved PDB data. /* * Fetch and extract PDB header and title * @license GPL 2 (http://www.gnu.org/licenses/gpl.html) * @author Ikuo Obataya<ikuo_obataya[atmrk]symplus.co.jp> */ $id = "1j7i"; $url = "http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/dbfetch?db=pdb&format=raw&style=raw&id=".$id; // Regex $pdbRegex = "… | ebi |